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题奏和皇帝下达的谕旨来实现的。总督、巡抚不仅拥有题本奏本的权力，而且雍正朝还实行了密折奏报制度。雍正帝就指示：一切地方之弊，吏治勤惰，上司孰公孰私，属员某优某劣，营伍是否整饬等等均可向他题奏密折，他也可以用朱批的方式对地方督抚进行直接的指示，从而抛开六部，由皇帝对地方督抚进行直接监控。另一方面，雍正以后的历代皇帝又特许藩、臬、提、镇等地方中级官员也拥有向皇帝上奏的权力，要求这些官员充当耳目，密奏督抚的情况，从而收到对地方势力相互牵制，防止督抚欺隐循私的效果。
由于以上三种方式的控制，在清初、中期，督抚在体制上基本没有独立活动的余地，只能完全听命于中央。
钱穆在《中国历代政治得失》一书中认为：“在明代，布政使是最高地方首长。总督、巡抚非常设，有事派出，事完撤销。清代在布政使上面又常设有总督与巡抚，布政使成为其下属，总督、巡抚就变成正式的地方行政首长了。这种制度，还是一种军事统制。如是则地方行政从县到府，而道，而省，已经四级。从知县到知府，到道员，到布政使，上面还有总督、巡抚，就变成为五级。可是真到军事时期，总督、巡抚仍不能作主，还要由中央另派人，如经略大臣、参赞大臣之类，这是皇帝特简的官。总督、巡抚仍不过承转命令。总之，清代不许地方官有真正的权柄。”[1]这种看法是有一定道理的。
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[1] 钱穆：《中国历代政治得失》，三联书店2001年版，第155页。